对在“全国土地执法百日行”中查出的350万亩土地违规违法，国土资源部发文明确要求，各地清查出的土地违规违法案件，应在2007年12月25日前处理完毕。

在这份《全国土地执法百日行动查处纠正工作的若干处理意见》(下称“意见”)中，针对“以租代征”和“违规新设与扩区”行为的处理、“未批先用”行为的处理等作了详细的解读，以防各地过度使用自由裁量权。

11月19日，国土资源部表示，已查出违规违法用地宗数约3.2万件，违规违法占用土地的面积350万亩左右。而“3.2万件违法案件中已立案查处1.7万件，占违规违法总宗数的53%。”

《意见》提出，国土资源部门对违法用地做出行政处罚后，要将有关情况通报发展改革、工商、税务、银行、证监等有关部门；对开发区的违规违法用地依法处理后，省级国土资源部门应列出全部擅自扩大或新设开发区名单，通报省级发展改革部门或有关部门处理。通过这种方式，建立多部门的约束机制，改变一个部门管地、多部门用地的局面，变成部门相互协作，发挥部门联动的作用，从多方面抑制违法用地行为。

另外，对于依法应予限期拆除，逾期尚未拆除的违规违法用地项目，要列出清单，向社会公告，以发挥社会监督作用，形成舆论压力。